Можно ли сделать "Ввод в оборот" определенных товаров, заранее сформированных в заявку или заказ?

Да, можно ввести в оборот все КМ или выборочно из заказа КМ.

Подробнее в инструкции: Ввод в оборот из заказа КМ и Массовый ввод в оборот , а также для категории "Молочная продукция": Ввод в оборот молочной продукции